阿星山の北東麓にあり、地域では東寺と呼ばれる天台宗の古刹です。
長寿寺は奈良時代、良弁僧正によって建立された勅願寺で、現在国宝に指定されています。その昔、聖武天皇には世継ぎがなかったので、良弁僧正が阿星山中の瀑布に籠って子宝の祈願を行ったところ、間もなく皇女の降誕を得ました。天皇は、我が子の長寿を願い七堂伽藍廿四坊の寺を建立し長寿寺という寺号をおくり、さらに行基菩薩に子安地蔵を刻ませ本尊としました。これが長寿寺の始まりと伝えられています。
中世には源頼朝、足利氏らの祈願所となり発展しました。しかし、天正の頃、織田信長の手によって三重塔は居城である安土城へ、楼門は栗東市の蓮台寺へと移築され、主要な建物を失いました。現在、国宝の本堂、重要文化財の弁天堂、同じく重要文化財の丈六阿弥陀如来坐像、釈迦如来坐像、阿弥陀如来坐像などが残されています。